TestMinIONQC.R

input file and quality cut-off

修改MinionQC.r，讓參數從外面給予
- input.file: albacore 轉換後得到的 sequencing_summary.txt
- q: 作圖時的比對 q 值門檻
- output.dir: 原先 MinionQC 圖片輸出目錄，暫時保留 (重構作圖功能後移除)
- samllfig: 原先 MinionQC 挑整圖片大小 flag，暫時保留為 FALSE

input.file = "minionQC_r\\sequencing_summary.txt"
q = 10
output.dir ="None"
smallfig = FALSE
source("minionQC_r\\MinionQC_ONLYplot.r")

## INFO [2018-11-26 17:46:43] Loading input file: minionQC_r\sequencing_summary.txt

所有的圖 xlab 與 ylab 在 default 高度與寬度時會與格線重疊。

讀長統計

X軸格線並非等距或等比例，直接畫plotly有問題。

Quality統計

yield_over_time

yield_by_length

length_by_hour

q_by_hour

reads_per_hour

length_vs_q

channel_summary